沈陽藥廠凈化工程可以分為兩種，即水凈化和空氣凈化。空氣凈化一般會將空氣里的有害物質、灰塵、細菌等排出，將室內空氣的潔凈度、氣流速、溫度與氣流分布等控制在一定范圍內。一般包含以下幾個系統。

首先，凈化工程存在自動化控制系統，溫控、風控、打開次序和時間操縱等均可以通過該系統實現。藥廠凈化工程還有空氣凈化系統，它包含了許多清潔輔助機械設備，例如紫外線滅菌燈、活性氧、風淋室、不銹鋼傳遞窗、互連鎖等清潔設備。此外，還有路面系統，這種排架工程結構系統會分成三個部分，即頂、地還有墻體，這三部分直接構成了空間里的三維六個面。除了這些系統，還有給水排水系統、通風風管系統以及電路系統工程組成了藥廠凈化工程的各個部分。